cristallino magari significa che separa meglio le varie dinamiche, che apre il suono in alto, che toglie potenza e rimbombo ai bassi, che ha più dinamica? allora non è tanto flat...
magari è solo che entrando nella scheda al livello giusto riesce a trasferire come informazione un segnale a dinamica maggiore e quindi entrando senza mixer non eri al livello giusto o entravi con microfoni e strumenti passivi su ingressi linea...

sul fatto che pulisca il segnale mi lascia ancora più perplesso, visto che aggiungendo elementi (analogici soprattutto) inserisco fonti di rumore e di colore alla catena del segnale...
anche qui secondo me è un problema di livelli: entrando con il giusto livello nella scheda sfrutti una maggiore dinamica del segnale e quindi riesci a "coprire" meglio il rumore che c'è sotto...

se entri a livelli bassi nella scheda sei costretto ad amplificare il segnale, amplificando anche il rumore, mentre se hai un adattamento corretto tra segnale e scheda, il segnale audio è molto più alto rispetto al rumore di fondo... e potendo contare su una maggiore variazione di livello hai una maggiore "risoluzione dinamica" del segnale...

a meno che il mixer non abbia al suo interno dei dsp che processano il segnale (e quindi non è un semplice mixer...) non vedo come possa migliorare da flat il segnale, tranne appunto che portarlo alla scheda con il livello appropriato e quindi con un migliore sfruttamento della dinamica rispetto al segnale diretto e magari passivo...

se uno ha solo un segnale da inserire nella scheda credo sia ancora meglio munirsi di preamplificatore adatto allo scopo: magari un valvolare microfonico se connetto solo un microfono per cantare o un d.i. se inserisco un basso o una chitarra...