purtroppo non so aiutarti più di tanto per il tuo problema, ma posso dirti un paio di cose:
1. la configurazione del tuo pc è sufficiente per far girare il cubase. non sarà un missile, ma basta.
2. il click e la sua sincronizzazione o precisione non dipendono dalla scheda audio, quindi sostituirla per questo motivo sarebbe inutile.

a mio parere il problema sta nel sistema operativo: cubase non è ancora pronto per w2000 (inoltre il server, come dice il nome, è stato creato per ben altri scopi), prima di provare con sostituzioni hardware, ti consiglio di formattare e installare il caro buon vecchio 98se, che resta ancora ottimo per cubase.