cerco di darti qualche spunto per risolvere la questione:

se cubase e rebirth li usi in rewire lascia stare le impostazioni midi di rebirth, verrà controllato direttamente da cubase.

se invece rebirth lo usi da solo le impostazioni midi le sistemi nelle preferences

solitamente cubase riconosce automaticamente i driver midi e tutti gli input sono già attivi di default (io per esempio ne ho 4 e tutti entrano già al momento di avvio di cubase). se nel tuo caso non è così oltre a disinstallare e reinstallare i software io proverei a reinstallare i drivers della scheda audio che usi. inoltre controlla le impostazioni midi usando il programma "setup mme", fornito con cubase.