Il problema da te lamentato lascia pensare solo a due cose, che potrebbero anche essere sbagliate, ma data la distanza, si va per tentativi.Prova a togliere la scheda dallo slot PCI, guarda le OUT e le IN, mettiti sotto una buona lampada, prova a muovere le prese e controlla se sulla pista dove sono saldate le saldature sono ben ferme ed ancorate alle piste del circuito. Le condizione del collegamento precario che migliora con il collegamento della IN OUT analogica, lascia pensare che ci sia un passaggio precario di segnale, purtroppo in questo caso la Terra non c'entra per niente, i device digitali lavorano su basse correnti e basse tensionie con Board a doppio isolamento.
Altra condizione che potrebbe causare problemi è una sbagliata gestione del passaggio dal modulo Proteus alla Scheda audio.
Altra tentativo ad intuito:
A che Sample Rate e a che risoluzione in ordine di Bit il Proteus trasferisce i dati alla SPDIF, Avendo il 2500 la sola OUT, immagino che debba per forza di cose assumere nel collegamento digitale lo Status di Master clock Sync, se tu cerchi di affidare, forzando, il Clock Sync alla Daw attraverso il pannello della Scheda Audio, è normalissimo che tu senta una miriade di disturbi.
Ora il problema è:
Vuoi davvero trasferire il segnale dall'Emu alla scheda audio ?
Guarda che un collegamento analogico ti farebbe pèerdere veramente poco in ordine di qualità, perchè credo che sia la forzatura verso il Mergge forzato di due OUT Clock Sync che generi, inevitabilmente questi problemi.
Detto questo però, controlla prima anche gli spinotti sulla scheda audio, se ti accorgi che c'è qualche saldatura non proprio a posto, puoi scegliere di far intervenire un buon tecnico dotato di una buona stazione Saldante, MI RACCOMANDO !!!
NIENTE AMICI CON SALDATORE, Potresti rovinare la scheda o i suoi componenti e bruciarti anche un eventuale intervento in garanzia.